El edificio que ocupa la Alcaldía de Santa Ana tiene 141 años de que se construyó gracias a que los empleados de entonces donaron sus salarios para iniciar el proyecto. Los planos para su edificación fueron realizados en 1873 y en 1874 colocaron las primeras piedras de la obra que fue terminada en 1883.
El edificio fue construido en el mismo lugar donde funcionaba el cabildo o casa del ayuntamiento que fue destruido por un incendió en diciembre de 1870. El Palacio Municipal no siempre sirvió para albergar únicamente las oficinas del alcalde.
Sus instalación fueron usadas en 1890 como cuartel, quedando en su interior las oficinas del munícipe y del gobernador político departamental.
Los militares lo ocuparon durante quince años hasta que en 1905 se trasladaron a la Segunda Brigada de Infantería. Ha tenido pequeñas modificaciones como la construcción en torre donde se encuentra el reloj en 1927, que antes ocupaba una glorieta.
El edificio tuvo que enfrentar un proceso de restauración debido a que fue afectado por los terremotos que ocurrieron a inicio de 2001.