Durante varios siglos, los pueblos pipiles del Señorío de Cuzcatán (parte central y occidental del actual territorio de El Salvador) habían convivido con los terremotos, las erupciones volcánicas, las fumarolas y demás manifestaciones geológicas de este suelo que fue capaz de producir la gigantesca erupción del volcán Ilopango, ahora considerada la cuarta más potente de las registradas durante la historia humana sobre el planeta Tierra.
Poco más de un año después de la primera incursión militar española en los asentamientos pipiles, hacia el 15 de agosto de 1526 (fecha del antiguo calendario juliano) un largo terremoto, de probable origen volcánico, estremeció el territorio del Señorío de Cuzcatán, así como los asentamientos españoles en el valle de Panchoy, en la villa de Santiago de los Caballeros de Goathemala, donde se encontraba el capitán Pedro de Alvarado y Contreras con sus huestes, a punto de partir hacia el encuentro de su jefe Hernán Cortés, en su tortuoso viaje hacia la costa norte de Hibueras (ahora Honduras). Sin daños materiales serios ni víctimas, ese suceso telúrico fue registrado por un testigo ocular, el soldado y cronista Bernal Díaz del Castillo, en el capítulo CXCIII de su magna obra “Verdadera historia de la conquista de Nueva España”.
Durante los siguientes 50 años, no se guarda registro de ningún otro fenómeno sísmico en la zona, hasta que en el segundo día de la Pascua del Espíritu Santo o de Pentecostés (martes 23 de mayo de 1575 según el calendario juliano, 2 de junio de 1575 en el calendario gregoriano vigente), la ciudad de San Salvador -ya asentada en el valle de Quezalcuatitán, su actual ubicación- fuera destruida por un devastador terremoto giratorio.
Esa intensa actividad sísmica afectó no solo a San Salvador, sino también a Guatemala y Chiapas.
Con probable epicentro entre las actuales localidades salvadoreñas de San Marcos y Santo Tomás, ese movimiento telúrico echó por tierra a la primera iglesia mayor o parroquial de la ciudad, erigida entre 1546 y 1551 con gruesas maderas, adobes y tejas frente al costado oriental de la Plaza de Armas o del Cabildo (ahora plaza Libertad). Además, destruyó todas las casas, el convento de Santo Domingo (actual Catedral) y el hospital de indios Santa Bárbara, construido por la municipalidad local y que gozaba de patronazgo real desde 1552.
Aunque solo hubo tres personas muertas -debido, posiblemente, a que el evento ocurrió en horas diurnas-, la gravedad de los daños hizo que los lugareños acudieran por ayuda ante la Real Audiencia en Santiago de Guatemala, presidida por Pedro de Villalobos. Gracias a esas gestiones, el monarca español Felipe II emitió una real cédula que ordenó a la instancia guatemalteca suministrarle ayuda a la destruida localidad sansalvadoreña. Ese documento imperial fue firmado en la villa de Madrid, el 18 de noviembre de 1576.
La inversión en reconstruir la urbe sansalvadoreña duró poco tiempo, pues alrededor del 27 de diciembre de 1581, otro sismo de posible origen volcánico destruyó la mayor parte de las edificaciones antiguas y recientes, a la vez que sembró el pánico entre la población. En esa época, para evitar morir sin confesión religiosa bajo el peso de las gruesas paredes y techos, era costumbre que las personas salieran a las calles y plazas a gritar sus pecados y en busca de alguno de los frailes y religiosos de la zona, para obtener su absolución.
Bajo la lentitud de la burocracia del imperio español, en los siguientes 13 años, San Salvador se recuperó del impacto de esos terremotos y volvió a edificar sus casas, templos y demás oficinas de gobierno con los sistemas constructivos tradicionales de España, en especial con gruesas paredes de tierra apisonada, adobe o calicanto, techos de tejas de barro y artesonado de madera, suelos de ladrillos cocidos, mezclas pegantes hechas con claras de huevos y resina de caulote, etc.
Durante el día y la noche del miércoles 20 de abril de 1594, varios temblores de diversas intensidades causaron espanto entre la población de San Salvador, por lo que muchas personas optaron por dormir en los patios y corrales de sus propiedades. Fue una excelente decisión, porque al amanecer del jueves 21 de abril, la pequeña urbe sansalvadoreña de 3,500 habitantes -entre españoles, ladinos, indígenas y negros africanos- fue azotada por un violento megasismo, que tiró por el suelo al más de medio millón de tostones que valía el conjunto de edificaciones del lugar, como la Iglesia Parroquial, los conventos de Santo Domingo y San Francisco (ahora Mercado ExCuartel), el hospital Santa Bárbara, el cabildo, los portales y las casas consistoriales. Entre dos y tres mil ducados fue el monto asignado para valuar cada una de las casas de los vecinos principales de la ciudad. Grandes extensiones de cultivos fueron destruidas y la población entró en un profundo drama social por el hambre y la falta de trabajo en los campos.
Aunque la mortandad provocada por ese fenómeno terrestre solo alcanzó a 13 personas -entre ellas, el cura párroco Francisco Ramos-, los lugareños quedaron sumidos en la pobreza y el desánimo, por lo que la reconstrucción empezó hasta ocho años más tarde, una vez que el Consejo de Indias estudió la carta que el cabildo secular de San Salvador le remitió el 26 de junio de 1602, en procura de ayuda económica para poder levantar de nuevo a esta localidad del Reino de Guatemala, en los dominios de ultramar. En poco tiempo y gracias a los vaivenes de la tierra, la villa de San Salvador pronto se ganó el mote de “El valle de las hamacas”.