Durante la época de su construcción, en 1964, fue una estructura controversial, ya que la forma del terreno era rectangular, ya que era un espacio en el que no podía construirse de la forma tradicional como el resto de las iglesias en forma de cruz.
La colocación del altar mayor, en uno de los muros laterales era también controversial para la época ya que como no se adaptaba a las normas conciliares, también era polémico para los frailes conservadores, pero permitieron que se construyera de esa forma.
Los planos arquitectónicos de la iglesia fueron hechos en seis días por Rubén Martínez, y fueron llevados al Vaticano por el padre Alejandro Peinador para su aprobación.
La estructura de la iglesia fue hecha solo con concreto, hierro y trozos de vitrales traídos de Francia, se utilizó madera pero como base para la colocación del concreto, no como parte de la estructura final.
El diseño del techo escalonado, que sigue siendo funcional para la estructura fue llamado durante mucho tiempo "Escalera al cielo".
Los trozos de hierro utilizados para la construcción fueron recicladas para crear las esculturas que están dentro de la iglesia. Algunos trozos se pueden ver en casa una de las estaciones del vía crucis.
La imagen de la Virgen de El Rosario fue cambiada de lugar solo por Rubén Martínez, ya que ninguno de los trabajadores quiso realizar la acción ya que pensaban que al moverla de su sitio original estaban profanando la imagen y podía suceder una catástrofe.
La pared norte de la iglesia, donde está el altar mayor, es la pared más alta aislada en Centro América, según su constructor Martínez Bulnes, y durante la época de 1960 las personas creían que se iba a caer.
