A juicio del conquistador y cronista Gonzalo Fernández de Oviedo, el capitán Martín de Estete “sabía más de amotinarse y revolver que no de la guerra ni de ejercitarla”. Por tal razón, muchos de sus compañeros de armas y otros súbditos españoles desconfiaban y recelaban de él. Una de ellas quizá haya sido su propia esposa, María de Escobar, apodada “La Romana”, pues no lo dejó que zarpara en solitario hacia el Nuevo Mundo, por lo que se convirtió en la primera mujer europea en atravesar el Atlántico y acompañar a su esposo en todas sus aventuras militares.
Entre 1532 y 1534, la corona y el Consejo de Indias emitieron varias Reales Cédulas para recabar información precisa acerca de algunas actividades sospechosas realizadas por Estete, en especial en cuanto a derechos de fundición de metales y a la construcción de la fortaleza de León de Nicaragua, que él señaló que fue edificada con parte de sus propios recursos y pedía que le fueran reembolsados. Al final de esos procesos, Estete salió bien librado, por lo que, el 28 de septiembre de 1534, una Real Provisión le concedió la escribanía mayor de Nicaragua, un alto cargo dentro de la estructura judicial de ese enorme territorio.
Para entonces, Martín de Estete ya no residía más en Nicaragua. Todo apunta a que, con más de alguna argucia, logró enrolarse en la flota construida por Pedro de Alvarado y Contreras y entre aquellas naves se hizo a la mar, con rumbo al Ecuador. Una vez concluidas las negociaciones entre los Alvarado y Contreras, Diego de Almagro “El Viejo” y Francisco Pizarro, el capitán de Estete pasó a engrosar las tropas almagristas.
El 6 de diciembre de 1534, Almagro escogió un hermoso sitio de Ganda, provincia de Chimo, en la costa norte peruana, para fundar una nueva villa de españoles, bajo la denominación de Truxillo o Trujillo, en homenaje a la tierra natal del conquistador y gobernador Francisco Pizarro. Fue el propio Pizarro quien, el 5 de marzo de 1535, oficializó la fundación de la villa de Trujillo de la Nueva Castilla. En ese proceso, Martín de Estete fue nombrado teniente de gobernador y comisionado para designar a los alcaldes ordinarios (Rodrigo Lozano y Blas de Atienza) y regidores de la nueva localidad, a la vez que se le confió el trazado de la Plaza de Armas y la delimitación de los solares y predios para los vecinos.
Por sus servicios, Pizarro le dio en encomienda la zona de Cachaguamán, compuesta por Chimo y Conchuco y donde habitaban alrededor de 1800 indígenas tributarios, repartidos en Piscabamba, Conchuco, Napadac, Carbin y Manziz, pueblos encabezados por los señores Vilchacayco, Apomachin, Yspalta, Ari Ari y Sachas Guamán. En busca de que esos indígenas le proporcionaran riquezas inmediatas en metales preciosos, Martín de Estete convenció alguno de ellos para que le señalara la ubicación de las Huacas del Sol y de la Luna, un complejo de templos y plataformas mochicas de los siglos I a.C. al IX d.C., donde encontró oro en abundancia, perlas, plata y diversas piedras preciosas. La riqueza saqueada de ese santuario la ocultó de las autoridades españolas, con la finalidad de no pagar el tributo o quinto real que por ley le correspondía al sacro emperador Carlos I de España y V de Alemania.
Enteradas las autoridades de aquel tesoro y de su ocultamiento, se lo embargaron al capitán de Estete y lo condujeron a la fundición de Trujillo, donde fue procesado por el fuego, forjado a yunque y martillo y sellado con los cuños del imperio español. Su enojado saqueador y poseedor se marchó a la Ciudad de los Reyes de Lima, a reclamar la devolución de aquella riqueza, pero lo sorprendió la muerte, en una fecha indeterminada del año 1536.
La viuda de Estete pronto enlazó en nupcias con el capitán Francisco de Chaves, militar a las órdenes de Pizarro. En los siguientes años, ella sería la encargada de reclamar ante el propio monarca la plata y oro que la Real Hacienda había confiscado al fallecido Estete, estimada en 6500 marcos de plata y unos cuantos kilogramos de oro. Al morir su segundo marido en combate, contrajo tercer matrimonio con el maestro de campo Pedro de Portocarrero, uno de los fundadores de Santiago de los Caballeros de Guatemala y quien, en esos momentos era el favorito de Gonzalo Pizarro. Los reclamos de riquezas por parte de la doble viuda continuaron, pero la burocracia y el tiempo dieron cuenta cabal de ellos.