A las autoridades españolas se les hizo muy sospechosa la larga presencia de los hombres de Pedrarias Dávila en la provincia de Nicaragua. Por eso, el 30 de julio de 1529, en Toledo (España) fue emitida una Real Provisión que ordenó que el factor Miguel Juan de Ribas y el veedor de fundiciones Martín de Estete regresaran a Tierra Firme (nombre colonial de la provincia de Panamá) para ejercer sus cargos designados. En caso contrario, se autorizó al vecino Álvaro del Guijo para que cumpliera ambas funciones y cobrara los salarios correspondientes. Es seguro que Estete no regresó al territorio panameño.
En noviembre de 1529, Santiago de los Caballeros de Guatemala tenía unos 150 vecinos españoles, de los cuales más de la mitad pasaban involucrados en campañas militares contra indígenas y otros sublevados. Durante la prolongada ausencia de Pedro de Alvarado y Contreras, quien permanecía en España desde hacía ya tres años, el capitán general y juez de residencia Francisco de Orduño había concentrado el poder político de la ciudad y del Reino de Guatemala en su persona. Para eso, había destituido al alcalde ordinario Gaspar Arias Dávila y se declaró en rebeldía ante las acciones de la familia Alvarado y Contreras. Eso incluía lo realizado en la villa de San Salvador.
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Año y medio antes, el 1 de abril de 1528, el capitán Diego de Alvarado y Contreras había restablecido la villa de San Salvador en el territorio pipil de Cuzcatán, en una pequeña planicie situada donde hoy se alza Ciudad Vieja, unos 7 kilómetros al sur de Suchitoto, en el departamento de Cuscatlán. Para él mismo se reservó los cargos de justicia mayor y teniente de gobernador, a la vez que nombró alcaldes ordinarios a Antonio de Salazar y Juan de Aguilar. Ellos y otros vecinos fueron los encargados de trazar y empezar a edificar esa primera y fortificada villa española en territorio ahora salvadoreño. Con sus acciones, Orduña nombró a Diego de Rojas teniente de gobernador en San Salvador, cargo del que tomó posesión en septiembre de 1529. Dos meses más tarde, desde León de Nicaragua partieron Martín de Estete y 200 jinetes y soldados, con la misión de atacar San Salvador y anexarla a los dominios de Pedrarias Dávila.
Para fines de enero de 1530, Estete ya había capturado a Diego de Rojas y había tratado de que los demás vecinos de la villa sansalvadoreña se unieran a su misión. Al no lograrlo, se desplazó a dos leguas de distancia y fundó la Ciudad de los Caballeros, en la que algunos han querido ver el remoto origen de San Martín. Hasta que la arqueología demuestre lo contrario, puede asumirse que aquella fundación no pasó de ser un campamento militar de avanzada y no una población fundada y trazada a cordel y regla en varas castellanas, como lo ordenaban las disposiciones oficiales de la corona española.
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Entre febrero y marzo de 1530, Orduño se resistió a combatir a Estete. Alegó que le faltaban al menos 100 hombres y que era mejor esperar a la que la Audiencia de México tomara una decisión al respecto. El 4 de abril, Pedro de Alvarado y Contreras regresó a Guatemala. Orduño ya no pudo sostener su cobarde posición, entregó sus cargos y se fugó hacia la Nueva España.
Con ese cambio de realidad, el capitán español Francisco López salió de la urbe guatemalteca con 30 jinetes y otros tantos infantes y peones armados. Sin detenerse a averiguar el tamaño de la expedición que marchaba en su contra, Estete realizó pillaje del territorio, capturó a unos dos mil indígenas y los obligó a caminar hacia las tierras más allá del rio Lempa, con dirección a Nicaragua. La pequeña fuerza del capitán López lo derrotó y lo puso en fuga.
Para asegurarse que no habría nuevas incursiones desde el sur en contra de sus comprensión territorial, Pedro de Alvarado y Contreras le ordenó a su pariente Luis de Moscoso Alvarado que fundara la villa de San Miguel de la Frontera, entre mayo y junio de 1530. A lo lejos, la estrella militar y política de Pedrarias Dávila languidecía, hasta que se apagó del todo el 6 de marzo de 1531, en León de Nicaragua (hoy León Viejo).
Tenía 91 años de edad. Dieciséis de esos años finales los había destinado a sus trabajos y días entre las provincias de Panamá y Nicaragua. Para entonces, Martín de Estete ya había puesto nuevo rumbo a su vida, lejos de la fidelidad que alguna vez le prodigó a aquel anciano y temible gobernador.