Martín de Estete nació hacia 1489 en la urbe castellana de Santo Domingo de la Calzada. Se desconocen datos de su infancia y juventud. Con poco más de 21 años, se embarcó, atravesó la Mar Océana y llegó al Caribe, como parte de la expedición de Diego de Nicuesa.
Una Real Provisión emitida en Burgos, el 15 de septiembre de 1521, le concedió la conducción de un regimiento en la ciudad de Panamá. Tres años más tarde, el capitán Estete ya ostenta el cargo de procurador de esa urbe y de los demás concejos de esa tierra, por lo que urge a la administración pública a erogar recursos económicos para construir el camino desde Panamá La Vieja hasta la villa de Nombre de Dios, así como la finalización de la construcción de los templos. Incluso, llega a ordenar que se gasten la tercera parte de los diezmos que le corresponden al monarca español.
Aquellos eran tiempos muy revueltos en la localidad panameña. Las envidias y las intrigas estaban a la orden del día. Estete era parte de las mismas. Por eso, en febrero de 1524 tenía especial interés en lograr que la fundición de oro de Darién fuera trasladada a la de Panamá, como lo había ordenado una real cédula emitida tres años antes. Además, consiguió que el gobernador y oficiales de Castilla del Oro (hoy Nicaragua) no pidieran, durante tres años, más que la octava parte de lo que les correspondía en oro, perlas, joyas y esclavos recolectados en los viajes de exploración y conquista. Además, el conquistador Gonzalo Fernández de Oviedo renunció a su favor el oficio de veedor de las fundiciones metálicas de Castilla del Oro, una tierra que ofrecía buenas posibilidades de encontrar oro y plata en abundancia. Desde luego, esos gestos le granjearon múltiples enemigos y despertaron demasiadas sospechas a su alrededor.
Más de alguna vez, Estete se extralimitó en sus funciones como procurador de justicia y funcionario de la gobernación de Tierra Firme (hoy Panamá). Una real cédula del 15 de julio de 1524 le ordenó al gobernador Pedrarias Dávila que hiciera justicia para Leonor Núñez, vecina de la ciudad del Darién, porque Estete, como teniente de gobernador de esa localidad, la había desterrado y quitado tres mil pesos castellanos, por lo que la mujer presentó severa denuncia ante el Consejo de Indias.
Ante esa acción judicial emanada desde la metrópolis, es más que probable que Pedrarias Dávila tomara la decisión de poner a Estete a resguardo por un tiempo. La participación de algunos de sus cargos de mayor fidelidad le venía al pelo en aquellos momentos, debido a que sus dominios se veían amenazados desde el norte, con la incursión de tropas al mando de la familia Alvarado y Contreras en los territorios indígenas de Iximché-Utatlán y Cuzcatán-Nequepio.
Por eso, en 1526, Pedrarias envió a Estete hacia León de Nicaragua (ahora León Viejo), con los cargos de teniente de gobernador y veedor de fundiciones. La finalidad era que se asentara en esa población y asumiera el establecimiento y regencia de la primera casa de fundición. A su alrededor, le colocó un grupo selecto de militares españoles, compuesto por los capitanes Gabriel de Rojas, Diego de Tejerina y Gonzalo de Badajoz, mientras que el poder político quedó concentrado en el gobernador Diego López de Salcedo, un personaje que muy poco podía hacer para frenar las ambiciones del gobernador de Tierra Firme.
Para entonces, una de las principales intenciones de Pedrarias se concentraba en encontrar “el estrecho dudoso”, la vía navegable que comunicara a León y Granada con el mar del Norte o Caribe por medio del Gran Lago de Nicaragua y algún río, conocido en teoría como El Desaguadero. En 1528, mandó a Estete y a Gabriel de Rojas al frente de una expedición de 150 hombres hacia el sur del Gran Lago, con la misión de encontrar ese paso que algunos tipificaban de mera leyenda.
El gobernador de Tierra Firme no pudo escoger peor momento para enviar esa misión militar. Aquella tierra estaba asolada por la sequía y la hambruna, por lo que los indígenas estaban más dispuestos que nunca a defender sus pocos recursos disponibles. Atacaron en varios momentos a la expedición, la cual diezmaron poco a poco. Luego de siete meses de viaje, Estete y sus hombres encontraron la desembocadura del río Desaguadero (hoy San Juan), desde donde navegaron hacia el norte, esclavizaron indígenas y extrajeron algo de oro en depósitos aluviales. Tras llegar al cabo Gracias a Dios (explorado antes por Cristóbal Colón), los sobrevivientes volvieron por tierra a León de Nicaragua.
Poco duraría el descanso de Martín de Estete. A los pocos meses, Pedrarias le tenía encomendada una nueva misión, de mayor envergadura. Debía poner rumbo hacia el norte, por vía terrestre y adentrarse en los dominios del gobernador de Guatemala, Pedro de Alvarado y Contreras, cuyos soldados recién habían restablecido la villa de San Salvador en una zona nahua cercana al río Lempa. La orden era atacar la posición, fundar una nueva población y mover la frontera entre las dos gubernaturas.
Todo eso mientras Hernán Cortés y su ejército se dirigían por tierra hacia Honduras, para castigar las insolencias de Cristóbal de Olid.