Construida en los astilleros de Iztapa (Guatemala) y Xiribaltique (en la bahía de Jiquilisco, El Salvador), aquella flota de tres galeones de 200 toneladas, siete bergantines de 100 toneladas, una galera y una fragata transportaba 265 soldados españoles, 250 jinetes y varios cientos de indígenas y africanos, todos armados. Tras la muerte de Alvarado y Contreras, parte de esas naves, hombres y pertrechos le fueron asignados al piloto Francisco de Bolaños para que se dirigiera hacia el norte.
Aquella expedición levó anclas el 8 de septiembre de 1541. Exploró y bautizó cabo San Lucas, las bahías Magdalena y San Pedro, punta Santo Domingo y la bahía de Santiago. A los pocos meses, las naves tuvieron que recalar y anclar, porque sufrían desperfectos varios. Para evitar que se hundieran y perdieran, desde Jalisco les fue enviada ayuda por tierra, para reparar las embarcaciones y regresarlas al puerto de Navidad.
Para entonces, el almirante y capitán español Juan Rodríguez Cabrillo, amigo y colega militar de los Alvarado y Contreras, había regresado a su casa y encomiendas en Santiago de los Caballeros de Guatemala. Regresó al frente de su propio galeón, el “San Salvador”.
Llegado el 23 de abril de 1520 a la costa de Veracruz, con las tropas de Pánfilo de Narváez, Rodríguez Cabrillo fue uno de los soldados que decidió pasarse al bando liderado por Hernán Cortés, a cuyo servicio combatió contra los mexicas y tomó parte en las batallas en Tenochtitlan. Después, fue asignado como uno de los capitanes y hombre de confianza de Pedro de Alvarado y Contreras, con quien tomó parte en la campaña del sur contra los pueblos indígenas de Iximché-Utatlán y Cuzcatán.
Después de las fundaciones de Santiago de los Caballeros, Rodríguez Cabrillo asumió sus varias encomiendas y hasta se desempeñó como justicia mayor del puerto sonsonateco de Acajutla. En cuanto a sus dotes marineras y de armador de buques, todo apunta a que ya las había desplegado desde su estancia en el Caribe y la costa mexicana, pues las desplegó de lleno durante la expedición de 1534 que hicieron al Perú dominado por Pizarro y Almagro. Mientras Pedro de Alvarado y Contreras estuvo en España, fue a él a quien le confió el diseño y construcción de esas trece naves, con las que el gobernador del Reino de Guatemala pretendía llegar hasta las islas Molucas o de las Especiarías.
Tras sobrevivir con su familia a la destrucción de la capital guatemalteca por un deslave volcánico (septiembre de 1541), Rodríguez Cabrillo decidió atender el llamado del virrey de Nueva España, Antonio de Mendoza y Pacheco, para que volviera al puerto de Navidad y retomara las exploraciones proyectadas. Con su galeón “San Salvador”, la fusta o navío “Vitoria” y un bergantín extra, el “San Miguel” (bautizado así por la villa edificada por Luis de Moscoso al oriente de la de San Salvador), levaron anclas el 27 de junio de 1542. Junto con él iban unos 120 hombres de tripulación total, entre la que destacaba el diestro piloto levantino Bartolomé Ferrelo, quien ya había estudiado bien los apuntes náuticos de anteriores exploradores, como Andrés de Urdaneta, Francisco de Ulloa, Fernando de Alarcón y el también piloto Domingo del Castillo.
Mapamundi trazado por Visscher en 1658, poco más de un siglo después de la exploración de Rodríguez Cabrillo y Ferrelo en California. Resulta curioso que aún fuera cartografiada como isla y no como península.
Luego de recorrer la costa de Colima, el 3 de julio arribaron a la península de Baja California. En San José del Cabo embarcaron agua dulce, que embodegaron junto a la alimentación para dos años que llevaban desde su punto de origen. Tras pasar por la bahía de Magdalena, cabo del Engaño y la isla de Cedros, se adentraron en aguas y territorios desconocidos por completo para los europeos del siglo XVI.
El 17 de septiembre arribaron a San Mateo, hoy Ensenada, y seis días más tarde atracaron en la bahía de San Miguel (ahora San Diego), para el 6 de octubre arribar a San Pedro (actual Los Ángeles) y tres días después llegaron a Santa Mónica. Entre el 10 y 17 de octubre, la expedición llega a San Buenaventura, al canal e islas de Santa Bárbara y acceden a Punta Concepción, pero deben retornar a la isla de San Miguel para evitar que las naves sean dañadas por los fuertes y gélidos vientos otoñales.
Tras retomar el derrotero, el 11 de noviembre llegaron a Santa María y al cabo y sierra de San Martín, donde las naves se separaron a causa de los vientos y bogaron sin rumbo por cuatro días hasta reencontrarse. Luego de arribar a la bahía de Los Pinos (hoy Monterey Bay), el 18 de noviembre enfilaron hacia la isla de San Miguel o La Posesión, para pasar el invierno.
El 3 de enero de 1543, Juan Rodríguez Cabrillo falleció, a causa de la infección por quebradura expuesta de uno de sus brazos, tras una escaramuza con indígenas lugareños. Tras rendir su testamento, recibir la extremaunción y fallecer, fue sepultado en una tumba simple abierta en la isla de Santa Rosa, en el archipiélago de Santa Bárbara, donde en 1901 sería encontrada una piedra tallada con su nombre y un dibujo antropomorfo.
El 18 de febrero de 1543, la flota, ahora bajo el mando del piloto Ferrelo, retoma el rumbo norte y se dirige hacia otros puntos, que también explora y cartografía. Así, alcanzan la bahía de San Francisco y Punta Reyes, para finalizar el 1 de marzo en el cabo Mendocino (bautizado así en homenaje al primer virrey de Nueva España, impulsor de ese viaje de exploración), en los límites entre los actuales estados de California y Oregon. Para entonces, la flota se encontraba en una zona que no volvería a ser visitada por ninguna avanzada española en los siguientes dos siglos.
Los vientos adversos, la falta de provisiones y la fatiga hicieron que la tripulación deseara volver al punto de origen, de donde habían zarpado casi un año antes. Después de hacer una breve escala en la isla de San Miguel, las tres naves retornaron al puerto de Navidad el 14 de abril de 1543.
Desde hace décadas, a Rodríguez Cabrillo se le rinden especiales homenajes en California, manifiestos a diario en los cientos de sitios públicos y privados que ostentan su nombre completo o sus apellidos. En San Diego existe un monumento nacional a su memoria y cada año la comunidad portuguesa residente en California le dedica un festival cultural, bajo la creencia de que era oriundo de ese territorio peninsular europeo. Sin embargo, la historia tiende a reescribirse a medida que se hacen nuevos descubrimientos documentales. Ahora se sabe que era español de nacimiento. Esa y otras revelaciones han surgido gracias al descubrimiento y transcripción de los libros de actas del cabildo de Guatemala, redactados entre 1530 y 1550, los cuales sin duda dentro de poco van a arrojar más luces acerca de ese período bastante desconocido de la historia colonial en la región centroamericana.
Entre 2011 y 2015, el Museo Marítimo de San Diego construyó una réplica del galeón “San Salvador”, con el objetivo de ponerla al servicio del público y que las personas a bordo puedan experimentar las sensaciones de la navegación en un buque de dos cubiertas y un mástil, como era la usanza de ese tipo en el siglo XVI. El lugar donde fue construida esa réplica exacta fue bautizado como “San Salvador Village”. Bajo ese nombre, era imposible que persona alguna recordara a los astilleros coloniales de Xiribaltique e Iztapa, esos puntos centroamericanos donde fue construida aquella flota bajo la dirección de Pedro de Alvarado y Contreras y su almirante y amigo Juan Rodríguez Cabrillo.
Desde hace dos décadas, el marino salvadoreño Jimmy Ruiz ha buscado que se reconozca al astillero de Xiribaltique (¿quizá ubicado en el actual Corral de Mulas?) como el lugar de construcción de las naves principales de esa flota. Ese reconocimiento también implicaría asumir que el Reino de Guatemala tuvo aportes fundamentales en la exploración de California y en su definición de península y ya no como isla. Para ese viaje se destinó madera, constructores, cargadores, marineros, jinetes, soldados, indígenas, todos provenientes de las localidades de Santiago de los Caballeros de Guatemala y la villa de San Salvador.